Leczenie endodontyczne, zwane inaczej kanałowym, konieczne jest w przypadku nieodwracalnych zapaleń miazgi zęba. Polega na profesjonalnym usunięciu chorej miazgi z komory i kanałów zęba oraz wypełnieniu powstałej przestrzeni odpowiednim materiałem. W wielu przypadkach jest to jedyna metoda uchronienia chorego zęba przed usunięciem. Zabieg wykonywany jest w znieczuleniu. Podczas jego trwania miazga zęba zostaje usunięta z kanałów, kanały są dezynfekowane i wypełniane najczęściej gutaperką. Specjaliści endodoncji podczas leczenia wykorzystują takie przyrządy jak mikroskop operacyjny, dzięki któremu mają wgląd do wnętrza komory zęba i kanałów, a czasem także endometr, który w sposób elektroniczny pozwalazmierzyć głębokość kanału. Metodą pomocniczą w leczeniu endodontycznym jest diagnostyka rentgenowska.
Leczenie kanałowe to metoda wykorzystywana w takich przypadkach jak głębokie ubytki próchnicze, złamanie (lub zwichnięcie) zęba, martwica miazgi.
Wykorzystuje się je też przed wykonaniem mostu lub korony zębowej.